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Les principales zones humides sont présentes dans la zone de transition avec la Camargue en bordure ouest du site. Elles sont souvent utilisées pour la pâture des taureaux ou des chevaux.
On y distingue deux habitats communautaires :
Les prairies à Cladiaies (nom scientifique : Marais calcaires à Cladium mariscus et espèces du Caricion davallianae). Elles sont caractérisées par leur roselière. Enjeu local de conservation : moyen
Les prairies humides méditerranéennes. Ce sont des prairies très rares en Provence puisqu’elles se développent uniquement à l’interface entre milieux humides (ici la Camargue) et milieux secs (ici la Crau). Enjeu local de conservation : moyen
La Crau est également marquée par d’autres zones humides plus typiques comme des marais et des étangs et par de petites zones humides ponctuelles liées aux activités humaines. Ces petites zones renferment plusieurs habitats d’intérêt communautaire comme :
Les mares temporaires méditerranéennes. C’est un habitat très rare et très fragile, susceptible d’être altéré par de nombreuses perturbations. Enjeu local de conservation : Très fort
Les ripisylves à peuplier blanc (nom scientifique : Forêts-galeries à Salix alba et Populus alba). Ce peuplement constitue l’essentiel des marais en Crau. Enjeu local de conservation : Moyen
Les plans d’eau riches en hydrophytes (nom scientifique : Communautés à characées des eaux oligo-mesotrophes basiques à chara spp. Ou Lacs eutrophes naturels avec végétation du Magnopotamion ou Hydrocharition). Ces deux habitats communautaires ne sont pas rares mais sont présents de manière très ponctuelle. Ce sont des milieux extrêmement importants pour la faune qui trouve une source d’eau mais également d’alimentation. Enjeu local de conservation : Moyen